随着时间流逝，贝伦塔失去了它建造时的主要用途，防守塔霍河(Tagus River)边上的港口。在后来的几个世纪中，它被用作海关，电报站，甚至是灯塔。利用贮藏室被改造成的地牢，它也曾被用作为监狱。随着时间的流逝，该塔经历了无数次的改造。其中19世纪，改造达到了顶峰：塔本身保留了中世纪的风格，只不过要窄得多，且有四个拱顶的房间；而堡垒经改建，更加现代化，包括在原来放置大炮的地方设置了匹配物。之后，随着新堡垒的建设，贝伦塔已经失去了它当初作为特茹河防护地的作用。据说，罪越重的犯人，就被关在越底层。当潮涨的时候，底层的犯人就会被淹死。

在贝伦塔的建筑风格上很容易看出弗朗西斯科·德·阿鲁达的作用，他大量使用了摩尔人和阿拉伯人的艺术元素，比如说岗亭顶端的胡椒粉盒形状的炮台。为了显示出国王的声威，塔上装饰了许多曼努埃尔式的象征物，比如说厚的石绳环绕塔身，点缀石结、浑天仪或是耶稣十字和一些其他的动植物元素。其中一座石雕犀牛相当引人注目，它在岗亭的底座上，显示了葡萄牙航海家探索海外的功绩。 弗朗西斯科·德·阿鲁达(Francisco de Arruda)在从北非返回时，被任命为贝伦塔要塞的总工程师。1514年，贝伦塔的建设开始了。当时是在王国的皇家工程大臣迪奥戈·德·波伊塔卡(Diogo de Boitaca)的指导下开始的。贝伦塔于1520年完工。