燃油滤清器(Fuel filter)有柴油滤清器（Diesel filter）、汽油滤清器（Fuel Filter）和天然气滤清器（Gas filter）三类。其作用是滤除发动机燃油气系统中的有害颗粒和水分，以保护油泵油嘴、缸套、活塞环等，减少磨损，避免堵塞。

柴油滤清器的结构大致与机油滤清器相同，有可换式和旋装式两种。但其承受的工作压力和耐油温要求较机油滤清器低得多，而其过滤效率的要求却比机油滤清器高得多。柴油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有采用毛毡或高分子材料的。

柴油滤清器又可以分为柴油水分离器，柴油精滤器。油水分离器的重要功能就是分离柴油中的水。水的存在对于柴油机供油系统危害极大，锈蚀、磨损、卡死甚至会恶化柴油的燃烧过程。由于中国柴油中的含硫量较高，在燃烧发生时，甚至会和水反应生成硫酸腐蚀发动机部件。传统的除水方式主要是沉淀，通过漏斗结构。国三以上排放的发动机对水分离提出更高的要求，高的要求就需要采用高性能的过滤介质。

柴油精滤器是用来过滤柴油中细小的颗粒，在国三以上排放的柴油发动机主要是针对3－5微米颗粒的过滤效率。

目前高性能的柴油滤清器（满足国三以上排放电控柴油发动机要求），包括水分离器和柴油精滤器，基本被国外公司垄断，如博世（BOSCH），曼胡（Mann－Hummel），帕克（Parker），弗列加（Fleetgurad）等，国内的民族品牌有：达菲特（DIFITE）。

汽油滤清器有化油器式和电喷式之分， 使用化油器的汽油发动机，汽油滤清器位于输油泵进口一侧，工作压力较小，一般采用尼龙外壳，电喷式发动机的汽油滤清器位于输油泵的出口一侧，工作压力较高，通常采用金属外壳。汽油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有使用尼龙布、高分子材料的。

汽油滤清器由于汽油发动机的燃烧方式与柴油发动机不同，整体要求不如柴油滤清器苛刻，所以价钱便宜。